Verso la fine del 1259 Tommaso lascia Parigi e torna, da Maestro, in Italia, probabilmente a Napoli, dove revisiona le parti, già scritte a Parigi, e termina la stesura della Summa contra gentiles, della quale abbiamo alcune parti autografe. L'opera va oltre l'originaria intenzione, di essere cioè un manuale teologico per missionari, inglobando, invece, categorie molto generali di obiezioni filosofiche e teologiche. Divisa in quattro libri, la Summa si occupa progressivamente: dell'esistenza di Dio secondo ragione (Lib. I), degli esseri che promanano da Dio (Lib. II), della provvidenza divina verso gli esseri che Dio ha creato e governa (Lib. III), e, infine, dei misteri della fede cristiana (Lib. IV): SS. Trinità, Incarnazione di Dio, Sacramenti, temi escatologici.