Nel 1248 Alberto Magno si recò a Colonia, per fondarvi uno studium generale, e portò con sé Tommaso, che fino al 1252 svolge la funzione di suo assistente ed è anche incaricato di alcune prime esperienze didattiche. È probabile che a Colonia T. sia stato ordinato presbitero, mentre è sicuro che frequentò le lezioni del Maestro Alberto sul De divinis nominibus dello Pseudo Dionigi e sull'Etica nicomachea di Aristotele.

T. dimostrò subito il suo valore intellettuale, anche se veniva chiamato, con affetto, il bue muto di Sicilia, forse per la sua riservatezza; il commento del Maestro fu che presto quel bue muto avrebbe emesso, con la sua dottrina, un muggito straordinario e dalle conseguenze dottrinali enormi. In qualità di lettore in teologia e baccelliere biblico, T. tenne le prime lecturae cursivae del testo, cioè commenti snelli e sommari, non analitici, finalizzati alla comprensione letterale del testo sacro. Di questo periodo è l'Expositio Super Isaiam ad litteram, prima opera teologica di T. baccelliere biblico.